L’Ordre de la Mare de Déu de la Mercè es va fundar l’any 1218 a la Catedral de Barcelona a petició de Sant Pere Nolasc, un mercader barceloní dedicat a la redempció de presoners. A la cerimònia van assistir-hi personalitats de l’alçada del rei Jaume I, el bisbe de Barcelona Berenguer de Palou i Sant Ramon de Penyafort.
El nou orde estava format per un grup de religiosos i cavallers reunits amb la finalitat de rescatar captius cristians a mans dels musulmans, en un moment de reonquesta i de conflicte constant. La seva tasca va ser especialment activa durant l’edat mitjana i moderna.
El convent i l’església originals van ser construïts a mitjan segle XIII, tot i que van anar reformant-se al llarg de l’Edat Mitjana. L’església actual, però, va ser inicidada l’any 1765 seguint el projecte de Josep Mas Dordal, un dels principals arquitectes de la Catalunya barroca que també va dissenyar el Palau Episcopal, el Palau Moja i la parròquia de Sarrià. El seu projecte per l’església de la Mercè va ser especialment modernitzador ja que es va inspirar recursos de la millor arquitectura barroca italiana, com les pilastres d’ordre gegant i els murs curvilinis.
A més, en l’ornamentació de l’edifici hi van treballar els millors escultors del moment, entre els que cal destacar Carles Grau, Salvador Gurri i Pau Serra. Les obres van donar per acabades l’agost de 1775, quan es va tornar a portar la imatge de la Mare de Déu al cambril de la nova església.
Tot i que el convent havia sobreviscut als aldarulls de la Guerra del Francès, amb la desamortització de Mendizábal es va exclaustrar els mercedaris i el convent es va convertir en caserna de la Milícia Nacional. El 1846 aquella caserna esdevindria seu de la Capitania General de Catalunya. Convertida en església parroquial, la mercè va acollir, l’any 1870 el portal renaixentista de la desapareguda església de Sant Miquel, que fins llavors es trobava al costat de l’Ajuntament. Poc després, el 1883, Agapit Vallmitjana va començar a esculpir la tomba monumental del bisbe Urquinaona, que encara es conserva al presbiteri de l’església.
En el context de l’Exposició Universal de Barcelona i per commemorar la coronació de la Mare de Déu l’any 1888 es va construir la gran cúpula del creuer de l’església, d’estil neobarroc. El 1916 l’arquitecte Enric Sagnier i l’escultor Josep Llimona van realitzar l’altar de la Sala del Descendiment. Dos anys després, per commemorar el sisè centenari d’aquell descendiment de Maria a Barcelona, el Papa Benet XV va atorgar a l’església el títol de Basílica Menor.
En començar la Guerra Civil l’església va ser incendiada, el que comportà la destrucció de les tribunes i pintures de la nau central i de l’altar major. Van salvar-se, però, la imatge gòtica i el sarcòfag de Santa Maria de Cervelló.
Durant la Postguerra la basílica va ser restaurada pels arquitectes Sagnier, Pallàs i Folguera en diverses campanyes. En aquella restauració es va col·locar una nova imatge de la Mare de Déu sobre la cúpula i es va redecorar les voltes del presbiteri amb frescos del famós pintor Josep Obiols.
Sigui com sigui, la relació dels barcelonins amb la basílica de la Mercè ha sigut sempre molt estreta, com es pot veure en les celebracions de la festa major de la ciutat. Cal remarcar també que, per bé que és un orde fundat a Barcelona i que, per tant, està molt vinculat a la història de la Corona d’Aragó, els mercedaris van tenir una gran expansió a França i a Itàlia, així com als territoris de l’Amèrica llatina.